МАНАСТИРСКИ СВЕТИНИ
В центарът на манастира се намира прекрасният храм на Светите равноапостолни Кирил и Методий. Построен от Архимандрит Антим Дамянов. Величественият храм се издига в центъра на манастира. За неговото благоукрасяване са се потрудили едни от най- видните български църковни творци. Долната част на иконостаса е дело на баща и син Фандъкови, представители на самоковската резбарска школа. Иконите на олтара са рисувани от талантливата ръка на зографа Никола Иванов, който работи в характерния източно-православен руски образец, в който са изписани и иконите на Патриаршеския катедрален храм „Св. Александър Невски” Стенописите са дело на професорите Георги Желязков и Георги Богданов.
В Манастирският двор се намира летен параклис посветен на Св. Николай Мирликийски Чудотворец. Той е построен върху основите на стария храм.
Паметта на Св. Николай честваме два пъти през годината: на 6 декември, когато светителят се представил на Господа, и на 9 май/22 май - денят на пренасяне светите му мощи от град Мир (Древна Лигия) в Бари (Италия). Всеки четвъртък през годината е също посветен на неговата памет. Църквата му отдава специална молитвена и богослужебна почит и всеки четвъртък. С такава чест на ежеседмична прослава е удостоен единствено "най-големият между родените от жени" (Мат. 11:11) св. Йоан Кръстител и Предтеча Господен.
В Клисурската света обител се намират Светиете нетленни мощите на Св. Климент Охридски Чудотворец, Св. великомъченица Екатерина, Св. Варвара и Св. Пантелеймон.